אין שום בעיה בשום דבר, זה תקין לחלוטין. FLAC אומנם לא מאבד מידע. אבל זה לא אומר שהוא לא דוחס אותו (ולצורך העניין, FLAC הוא VBR כמו שמישהו אמר פה).
ה-Winamp מראה לך סך הכל כמה ביטים של מידע לשנייה יש לך בקובץ. ב-WAV יש לך 1411 בכל מצב, לא משנה מה מתנגן. ה-FLAC דוחס בהתאם לתוכן. זה למה אתה רואה קפיצות בין 500 לבין מעל ל-1000. שים קובץ MP3, תראה איך זה רץ באיזור ה-192 (תלוי בקובץ כמובן).